Pierwszą szkołę parafialną w Komborni założył ks. Rybczyński. Uczono na wikarówce do roku 1842. W 1842 roku wybudowano pierwszą szkołę w Komborni, a pierwszym cywilnym nauczycielem był Wojciech Gazda. Szkoła ta stała tylko 6 lat, gdyż grzyb zniszczył ściany.

W roku 1848 wybudowano nową szkołę. Po Wojciechu Gaździe nauczycielem w szkole był Antoni Skórski. Aż do roku 1902 była to szkoła jednoklasowa. W tym roku przekształcono ją na dwuklasową i dodano do pomocy nauczycielkę Emilię Nigborównę. W roku 1911 stałym kierownikiem szkoły został Ludwik Laskowski i dodano trzecią klasę. W 1914 roku otwarto czwartą klasę. W sobotę 10 września 1914 roku odbyła się nauka po raz ostatni, gdyż szkoła została zajęta przez wojska austro-węgierskie. Następnie budynek szkolny opanowali Rosjanie, którzy budynek szkolny zniszczyli. Najgorszy jednak dla znękanej przeciągającą się wojną Komborni był 19 grudnia 1914 roku, kiedy Kombornia stała się terenem, o który walczyli z jednej strony Austriacy, z drugiej zaś Moskale. Walka trwała 8 dni. Wieś opanowali Moskale. Pastwą rozszalałego żywiołu padła niestety i szkoła.

Dopiero dnia 8 maja 1915 roku po całotygodniowej walce na okolicznych wzgórzach Rosjanie zostali tym razem już na zawsze wyparci i znowu wrócili Austriacy. W dniu 1 lipca 1915 roku po dziesięciomiesięcznej przerwie otwarto naprędce zorganizowaną szkółkę. Po spaleniu budynku szkolnego i wszystkich przyborów szkolnych nie było to łatwe. Po mozolnych staraniach urządzono 2  sale lekcyjne, jedną w budynku gminnym, drugą wynajęto u sąsiada.

W 1924 roku przekształcono szkołę w Komborni z dwuklasowej na trzyklasową. W tym również roku przeszedł jednogłośnie wniosek, by natychmiast przystąpić do budowy szkoły, przy pomocy pożyczki państwowej.

Rada szkolna miejscowa czyniła usilne starania o zakupienie gruntu pod budynek szkolny. Grunt wreszcie zakupiono w roku 1927 u gospodarza tutejszej gminy Stanisława Kuźnara. Powierzchnia gruntu wynosiła ¾ morgi.

We wrześniu 1930 roku przystąpiono do realizacji już od dawna planowanej budowy szkoły. Z  dniem 10 stycznia 1938 roku rozpoczęła się nauka w nowych salach. Czwarta sala lekcyjna mieściła się nadal w budynku gminnym. Dnia 10 stycznia 1939 roku, tj. w pierwszym dniu po feriach zimowych już wszystkie dzieci zaczęły uczyć się w budynku nowej szkoły, gdzie oprócz 3 sal szkolnych na parterze oddano czwartą klasę na piętrze. W czasie  wakacji wykończono w nowym budynku piątą, a zarazem i ostatnią salę szkolną. W tym  budynku mieści się szkoła po dzień dzisiejszy.

1 września 1939 roku, kiedy już wszystko było przygotowane do rozpoczęcia nowego roku szkolnego, wybuchła wojna z Niemcami, a następnie z Sowietami. W tych warunkach nauki w szkole nie zaczynano. Niebawem przybyły do Komborni wojska niemieckie, zajmując między innymi szkołę na mieszkanie, w którym przebywali do października. 27 listopada tegoż roku przystąpiono do dalszego nauczania.

Na ogół przez 5 lat okupacji niemieckiej nauka w szkole w Komborni odbywała się dość normalnie w porównaniu do szkół miejskich, gdzie przerwy w nauce trwały czasem nawet przez kilka miesięcy. Pracę szkolną utrudniała słaba frekwencja dzieci, zwłaszcza w porze zimowej. Okupacja niemiecka skończyła się 28 lipca 1944 roku, gdyż w tym czasie wojska sowieckie zajęły Kombornię.

 Naukę rozpoczęto w listopadzie, w wynajętej sali w Ochronce. Od 1 grudnia zajęto już 2 sale, a następnie całą szkołę.

W latach 1945-1966 kierownikiem szkoły był Antoni Weber. Podczas jego pracy wybudowano ustępy, ogrodzono siatką plac szkolny z trzech stron i wykończono mieszkania dla nauczycieli.

W roku szkolnym 1966/67 kierownictwo szkoły objął Franciszek Wilusz, który pełnił tę funkcję do 1977 roku z dwuletnią przerwą chorobową. W tym czasie obowiązki kierownika pełniła Alicja Małusik. Podczas jego pracy ogrodzono plac szkolny od strony zachodniej, wybudowano studnię i dokonano kapitalnego remontu budynku szkoły. Remont ukończono w roku 1975.

Funkcję dyrektora w okresie 22 sierpnia-30 września 1977 pełnił mgr Henryk Popiel,  ale   ze  względów rodzinnych  musiał  odejść. 1 października 1977 roku dyrektorem został mianowany mgr Tadeusz Piotrowski.

22 listopada 1980 roku Szkole Podstawowej w Komborni nadano imię profesora Stanisława Pigonia. Z tej okazji przy wejściu do szkoły po prawej stronie wmurowano tablicę pamiątkową składającą się z dwóch części: medalionu z podobizną Profesora i napisem „Stanisław Pigoń 1885 – 1968” i tablicy prostokątnej z napisem „… do celów szlachetnych, szlachetne tylko wiodą czyny.” Stanisław Pigoń  W dniu nadania jego imienia Szkole Podstawowej młodzież i społeczeństwo Komborni. Kombornia, listopad 1980.

Do dnia 1 września 2003 roku funkcję dyrektora szkoły w Komborni pełniła pani mgr Zofia Kasprzyk, nauczyciel matematyki i informatyki.